Ecco, devi controllare che ambiente desktop stai utlizzando (xfce, kde, gnome ecc.) e quindi che libreria stai utilizzando per creare il programma (a questo punto penso QT), per cui se usi XFCE (gtk) e il tuo programma usa le QT e non le GTK, ci potrebbero essere dei temi che devi sistemare.
Se no, installa anche lazarus-gtk e poi, dalle opzioni che ti ho messo qualche messaggio sopra, scegli GTK per compilare il programma.
Se invece utilizzi QT e sei in KDE (o un ambiente che usa le QT come predefinite) effettivamente è strano, per questo ti consigliavo di provare il programma su altri pc linux per vedere come si comporta.