Cleanupdate e' un'ottima utility che lancia una serie di istruzioni che potresti dare manualmente nel terminale. Se non sai bene come aggiornare o vuoi farlo velocemente, un tool del genere e' molto utile.
Non ho capito bene cosa e' successo ma, nel caso in cui tu non riesca a riavviare andando su start/esci/ravvia, ti consiglio di aprire il terminale e digitare:
sudo reboot
Qualunque applicazione blocchi il riavvio, con questo comando il sistema verra' riavviato in tutti i casi, o quanto meno a me non e' mai successo che non funzionasse.
Per spegnere invece e' ''sudo shutdown'' che puo' essere utilizzato anche per programmare lo spegnimento ad un determinato orario, ad esempio:
sudo shutdown -P 18:30
Prova.
Forse in futuro ti saranno utili.