"Trapiantare" la home funziona abbastanza bene, io l'ho fatto diverse volte e, a parte qualche programma che rompeva le scatole (vscode con qualche plugin/configurazione), il resto è stato ripristinato correttamente.
Se, però, hai una home vecchissima e la metti su un sistema super aggiornato, potrebbe anche accadere che qualche programma non riesca ad aggiornare correttamente la sua configurazione; sarebbe da sperimentare, ma magari non è il tuo caso.
Mentre per le cose di root (ottimizzazione ecc.) magari ti segni i comandi da qualche parte (oppure fai uno script), in modo da ripeterle velocemente subito dopo installato.